Para que sea efectiva lo ideal es instalarla justo al completar la instalación del sistema operativo junto al propio git, en el caso de Debian y derivadas lo podrías hacer con un comando como éste:
sudo apt install git etckeeper
A partir de este momento la carpeta /etc estará controlada por git, de manera que cuando hagas ciertos cambios como instalar paquetes se van a crear commits registrando la operación.
Hay que tener en cuenta que dichos cambios se registran con permisos para root, por lo que tenemos que hacer las operaciones con ese usuario, ya sea con sudo o su-
Si queremos ver los cambios que se han ido haciendo:
sudo git log
Si hacemos cambios manuales y queremos registrarlos:
sudo git add .
sudo git commit -m "Descripción de los cambios en la configuración."
Si queremos renombrar el último commit:
sudo git commit --amend
Por lo demás podemos tener el mismo control que en cualquier otra carpeta con código gestionada por gi.
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